暗夜精灵在泰兰德·语风的领导下开始进行唤醒德鲁伊的任务，大德鲁伊玛法里奥·怒风与许多德鲁伊从长久的沉睡中苏醒。
泰兰德释放伊利丹于万年的囚禁，但是伊利丹却受到阿尔萨斯的诱惑而吸取邪恶的古尔丹之颅力量，进而杀死恶魔提克迪奥斯，随后伊利丹被暗夜精灵放逐。
玛法里奥和泰兰德在麦迪文的指引下与萨尔领导的部落、吉安娜领导的联盟合作组成大联军，于海加尔山之巅以世界之树的牺牲击败阿克蒙德获得胜利，第三次大战结束。
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恶魔基尔加丹为了惩罚巫妖王的背叛，收纳伊利丹为爪牙然后派他开始进行歼灭巫妖王的任务。
伊利丹得到瓦丝琪女士的纳迦帮助，伤害了许多自己的同胞，进入萨格拉斯之墓夺取用来摧毁巫妖王的神器萨格拉斯之眼，暗夜精灵典狱长玛维·影歌则为了追捕伊利丹而丧失了许多手下。
玛法里奥和泰兰德回应玛维的求救到达洛丹伦大陆，并遇上血精灵王子凯尔萨斯和他领导的血精灵，合作猎捕并成功地阻止伊利丹摧毁巫妖王。但是玛维因为使用谎言欺骗而让玛法里奥再度释放伊利丹以救出身陷危机的泰兰德，于是玛维再度为了追杀伊利丹进入前往外域的传送门。
血精灵因为在存亡之际被迫接受来自纳迦的帮助而被联盟指责为叛徒，凯尔萨斯王子带着部分的士兵跟着瓦丝琪的引导加入了伊利丹的军队，打败并活捉玛维。
伊利丹接受破碎者阿卡玛的帮助，击败统治外域的玛瑟里顿成为新的外域之王，但是基尔加丹仍然追杀到此地，强迫伊利丹再对巫妖王发动攻击。
阿尔萨斯因为巫妖王在先前的攻击受损而被征召回去保护王座，同时希尔瓦娜斯取回自己的躯体，与一群意志强烈的亡灵挣脱巫妖王的控制。
希尔瓦娜斯收服恐惧魔王瓦里玛萨斯、打败巴纳扎尔，统合有意志的亡灵为被遗忘者，开始改建洛丹伦王城的地下区。
阿尔萨斯与阿努巴拉克在诺森德会合，杀死和复活上古蓝龙萨菲隆，穿越古老的艾卓-尼鲁布帝国地底通道到达囚禁巫妖王的冰冠冰川。
阿尔萨斯带领天灾军团击败伊利丹的军队，解放巫妖王与王座的囚禁，与耐奥祖的灵魂合二为一成为新任巫妖王，随即进入沉眠；伊利丹则逃回外域。
萨尔建立兽人国度杜隆塔尔，以及壮阔的城市奥格瑞玛，同时吉安娜·普罗德摩尔也建立起联盟的海港城市塞拉摩，牛头人也在雷霆崖定居。
联盟海军上将戴林·普罗德摩尔带着舰队来到卡利姆多大陆，开始攻击沿海看到的所有兽人和巨魔，引发兽人和人类之间的古老仇恨。
雷克萨和巨魔暗影猎人洛坎、熊猫人酿酒师陈·风暴烈酒被萨尔指定调查和阻止戴林对部落的一切攻击行动。
吉安娜选择协助萨尔和雷克萨等人打倒自己的父亲以换取两个国家之间的和平，最后戴林战死，部落也信守承诺离去。