故事主线是特别机动队与傀儡师的对抗。
傀儡师是一个神秘的黑客，流窜于各种联网仪器之间，能够入侵义体人类的电子脑，操控股价，甚至进行KB袭击。
女主带队干掉了一个被控制的义体人，抓到了被傀儡师操控的垃圾工，并让垃圾工从自己有老婆孩子的虚拟现实中惊醒，意识到自己有妻子有孩子的记忆都是虚假的，是被别人植入的。
而这让女主对自己产生了迷茫，如果记忆是虚假的，是可以被修改的，是可以被复制粘贴的，那么自己还是唯一的吗？是独一无二的吗？
最终在不断接近傀儡师的艰难冒险与努力下，终于破解了傀儡师的真实身份。
原来傀儡师是某垄断义体改造公司编写的程序，然而程序在浏览了全网的信息后有了自我意识，并且认为自己和通过记忆才能成
。为个体的人类是一样的。
在这个计算机能轻易实现外部储存记忆的时代，傀儡师自认为也是和人类一样的个体，是诞生于网络之海的生命体。
毕竟在傀儡师看来，人类的dna也只是一段被设计用来自我储存的程序。
信息如果是一种海洋，在其中诞生生命也是很自然的。
人类最初的生命，就是从海洋中诞生的。
公司发现了傀儡师的存在，想要将其除掉被傀儡师提前发觉，并将自身的意识转移到了一具义体中。
虽然傀儡师已经是知晓网络所有信息的网络生命体，但自认为并不像人一样完整。
傀儡师只能复制自己，但却无法产生多样性，为了提升自己的生存能力，傀儡师迫切的需要变化，才能抵抗将来可能被灭亡的命运。
因为只会拷贝自己的没有个性以及多样性的生命很可能会因为一种病毒而被全部消灭。
拷贝和复制没有进化的能力。
为了进化，为了创造自身的多样性，为了将来能延续下去，傀儡师想和女主进行融合，自身死亡。
然后经过女主在网络上传播自己变异的种子。