东厂的侦缉范围非常广，朝廷会审大案、锦衣卫北镇抚司拷问重犯，东厂都要派人听审。朝廷的各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动。
东厂建立初期客观上有反腐败的效果，极大的加强了皇权。但东厂更产生了极为恶劣的历史影响。
越过正常的官僚机构，进行特务活动，存在大量阴暗面，人为制造了大量的冤假错案。为宦官专权提供了条件，但在明朝，宦官只是皇帝权力的延伸。
由于东厂镇压的手段极其残酷，且有因向独裁者邀功或其私利而为之，所以容易制造大量的冤假错案，以致于东厂在明代社会上的口碑极差。
东厂、西厂和锦衣卫是明代在刑部、都察院、大理寺这三个司法机关以外设置的直接听命于皇帝，执掌“诏狱”的特务机构。
锦衣卫是皇帝的侍卫机构。前身为太祖朱元璋时所设御用拱卫司。明洪武二年改设大内亲军都督府，十五年设锦衣卫，作为皇帝侍卫的军事机构。
西厂在明朝历史上只短期存在过，明宪宗成化年间成立了一个新的内廷机构——西厂。其势力甚至超过了老前辈东厂。
不过西厂仅仅成立5个月就被撤销，只相隔一个月宪宗又恢复西厂。明武宗继位后，大太监刘瑾掌权，宦官势力再度兴起，西厂复开。刘瑾倒台，武宗才下令撤销西厂。西厂作为一个临时产品，就这样在历史上永远地消失了。
锦衣卫的首领称为指挥使，一般由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任，属于外臣。而东厂的首领是宦官，即内臣。
在与锦衣卫的关系上，东厂后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。锦衣卫向皇帝报告要具疏上奏，东厂可口头直达；皇帝还赋予东厂督主以监督锦衣卫人员的权力。所以东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系。
在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主要下跪叩头。
田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰和崔应元等人虽然没有料到两位东厂大太监，这么快就到了，意外之余，还是第一时间上前跪拜！
“参见李公公，参见石公公。”田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰和崔应元等一众锦衣卫大员，一起在李永贞和石元雅坐轿前行礼，神态恭敬，不敢有半点马虎。
“不必弄这些虚礼，都起身吧。”李永贞细声细气的回应了一声，然后问道：“这大半夜的，怎么出了这么大的事情？到底是怎么回事？你们都说说看。”
田尔耕紧张的满头大汗，支支吾吾的说不出个所以然来，好容易憋出一句：“歹徒暂且不明，我们正在抓紧追查！这帮顺天府衙役实在无用，这条街的几十名衙役此前全部失踪！他们一点线索都没有。”
先将锅子盖在顺天府的头上，再表示自己的锦衣卫正在努力！这是很常规的推卸责任手段。
李永贞与石元雅对视了一眼之后，李永贞轻轻地哼了一声，细声细气的问石元雅：“石公公，你说怎么办？”
“先封闭城门，稽查元凶吧？这大晚上的作案，料来人还内城！”石元雅道：“要么就报与九千岁拿主意？或者是让内拿个主意？”
李永贞听了石元雅八面玲珑的意见，笑道：“你这一句话，说出来了三个主意，这不等于没说吗？凶手在不在内城，都不能随意封闭城门，这得有九千岁，或者首辅直接下令才成。现在叶向高刚刚去职，首辅空缺，至少要到年关才能立出新的首辅，问内那帮只会拿朝廷俸禄，只会吵架说大话的人，是问不出什么名堂的。”
石元雅和一群锦衣卫大员都不懂李永贞具体要说什么，却急忙点头称是，都说督公高见。