郑玄投马融门下后，三年不为马融所看重，甚至一直没能见到他的面，只能听其高足弟子们的讲授。
尽管郑玄胸中所藏学识已经远远超过了马融的“高足”。但郑玄谨记先圣的话“三人行，必有吾师”。
他仍旧专心听讲，日夜寻究诵习，毫无怠倦。
有一次，马融和他的一些高足弟子在一起演算浑天问题，遇到了疑难而不能自解。
有人说郑玄精于数学，于是就把他召去相见。郑玄当场很快就圆满地解决了问题，使马融与在场的弟子们都惊服不已。
当时马融最器重品德高尚的卢植，他感慨的对卢植说:“吾等皆不如也。”
自此以后，马融对郑玄十分看重，郑玄便把平时学习中发现而未解决的疑难问题一一向马融求教，对于篇籍的奥旨寻微探幽，无不精研，终得百尺竿头再进一步。
郑玄在马融门下学习七年，因父母老迈需要归养，就向马融告辞回山东故里。马融此时已经感到郑玄是个了不起的人才，甚至会超过自己，他深有感慨地对弟子们说：“郑生今去，吾道东矣！”
从马融那里归来，郑玄已经四十多岁了。但他已经对百家之学无所不通，天下闻名。
许多人千里迢迢的来投到他的门下，拜他为师，听他讲学。
当时他家里还很贫穷，便“客耕东莱”，一面种田维持生计，一面教授门徒。
建宁元年，刘宏登基，第二次党锢之祸随之到来。
朝廷下诏各州郡查究党人，凡“党人”及其门生、故吏、父子、兄弟现居官位者，一概免职禁锢。
郑玄曾为杜密故吏，又曾受杜密的赏识与提携，所以也被视为党人。
郑玄被禁锢后，绝了仕进之路，便杜门不出，隐修经业，集中全部精力来进行遍注群经的工作，教导弟子。
汉代经学有今古文之分。今古文经不仅经文有所不同，更重要的是其解说和观点差异甚大。
秦始皇焚书后，汉代有一些老儒生凭记忆背诵出来一些经文，用当时通行的文字隶书记录并整理出来，叫做“今文经”。