他的父亲司马昱曾看见一句谶言：晋祚尽昌明，没想到这“昌明”竟然是自己的儿子，不仅悲从中来，痛哭流涕。
晋孝武帝司马曜，字昌明，生于晋哀帝隆和元年。
他的祖父是东晋开国皇帝晋元帝司马睿，父亲是会稽王司马笠母亲是李玲荣。
司马昱共有七个儿子，但前五个都早亡，只有司马曜和胞弟司马道子存活下来。
兴宁三年琅邪王司马奕继承皇位后，司马昱徙封琅邪王，四岁的司马曜则继其父会稽王之位。
司马曜即位的时候是十一岁，没有理政的能力，况且朝中还有一个权臣桓温，司马曜就是一个傀儡皇帝。
东晋从司马睿开国江左以来，一直处于士族门阀轮流支配之下，形成门阀政治的格局，而除了元帝司马睿明帝司马昭稍有作为以外，其他皇帝都是几乎傀儡般的存在。
到了简文帝司马昱时，这种皇权不振、士族专权的局面更达到极点，桓温完全掌控了朝廷大政，连谢安都视其为君，史称政由桓氏，祭则寡人，而他的野心则是要简文帝禅位于己，达到倾移晋鼎的目的。
简文帝登基仅八个月便得了重病，于咸安二年七月二十三日连发四诏，催促尚居姑孰的桓温入朝辅政，桓温故意推辞；五天后，简文帝病情加剧，遂册封会稽王司马曜为皇太子，并遗诏大司马温医周公具设故事又说：“少子可辅者辅之，如不可，君自取之。”
司马昱死前留下了一道给桓温的诏书，内容是：若是司马曜当不好这个皇帝，你可取而代之。
估计是司马昱也怕那句谶言应验，晋朝毁在司马曜的手中。
此时的晋朝国运可以说到了千钧一发的地步，因为桓温完全可以凭借简文帝遗诏而篡晋自立，这是其他士族所不愿看到的。
但是这道诏书却被王坦之给撕了，本来桓温就在朝中就如日中天了，你再留下这么一道诏书，我们王氏还活不活了，其他氏族不是要完蛋了。
所以司马昱被迫把诏书改为命桓温摄政。
桓温确实不满足于摄政的地位，明明再往前走一步，他就可以登上帝位了。
随即简文帝驾崩。