不过耿仲明其实骁勇彪悍不输孔有德。
后来毛文龙死，他和孔有德投登莱巡抚孙元化，但最后又因孔有德援辽半路兵士哗变而跟着响应叛乱，割据登莱失败后，只得渡海降后金。
当初孔有德、毛承禄等要降后金时，其实耿仲明是不愿意的，因为他本来就是先降再反的，但后来走投无路还是降了，而皇太极对他也确实很好,&bsp&bsp不仅既往不咎,&bsp&bsp后来还赐封为王。
不过能够反复降叛，也足以说明其实耿仲明这人,&bsp&bsp骨子里也不是什么忠心的人。
他当初从东江到登莱后，也还一直暗里跟后金走私，崇祯五年，东江总兵黄龙截获的两条走私船，就有一条是他的。另一条船虽是抚标中军王廷臣的大哥的，但两条船的货其实都是耿仲明的。
因为黄龙查扣了耿仲明的走私船，捕了他的心腹李梅，耿仲明就让他弟弟耿仲裕鼓噪军士哗变，把黄龙围住打了半死，后来还是尚可喜发兵镇压了乱兵。
就算耿仲明后来降了后金，也深得皇太极重用，甚至封王。
但耿仲明也并不是真就对后金忠心耿耿了，比如投降后金不久，孔有德尚可喜二人的部将就都弹劾耿仲明侵夺他们的部众。
在崇祯十五年，耿仲明自己的部将石明雄就弹劾他私自藏匿松山、杏山的人口。耿仲明甚至还私自包庇藏匿那些八旗的包衣奴才等，甚至一些逃人被依法处死后，他还给他们收尸并祭祀等。
在第二年，耿仲明知道了石明雄秘密弹劾自己的事，便打算暗里搞死他。然后石明雄知晓后，便与另几员将领宋国辅、潘孝等一起密谋先下手为强，杀死耿仲明。
不过最后还是耿仲明棋高一招，把这几员忠于后金却不肯忠于他的部将全杀了，然后上报朝廷说他们密谋叛乱投明。
其实耿仲明投降后金后，其实经常干侵夺其它将领部众，甚至隐匿人户，违规接受投献等等不法之事，也暗里向朝鲜、明朝走私。
所图的当然是利益，是稳固增强自己的实力。
去年随军入关，跟着阿济格多铎等一路攻城掠地，耿仲明功劳立的不多，但率部劫掠却最积极，抢了许多人口牲畜钱粮等。
班师后却还受到嘉奖，赉貂裘、蟒服、良马、黄金百两、白金万两貂裘、蟒服、良马、黄金百两、白金万两。
而去年后来再奉旨出兵山东，结果尚可喜兵败，他却见死不救，坐看他最后被围自尽。
可事后清廷却还不敢责罚他，反而予以奖赏，给他儿子封了昂邦章京世职。