根据西班牙与葡萄牙两国之间的联盟协定，腓力二世成为葡萄牙国王之后，葡萄牙人仍保持了与印度及其他所有合并了的葡萄牙领地的独占贸易，并得以与西班牙、秘鲁和吕宋马尼拉自由往来。
这其中也包括了澳门葡萄牙海商在广州的贸易垄断权。
可以推测，在澳门的葡萄牙人肯定是非常反感葡萄牙与西班牙合并的。
因为如果在澳门的葡萄牙人被降到一般西班牙臣民的地位，澳门港就一定会向西班牙人开放，那么葡萄牙人对华贸易的垄断势必将立即告终，其损失将无法弥补。
所以当时在澳门的葡萄牙人尽管在名义上承认腓力二世是他们的国王，但实际上澳门的葡萄牙社区是竭力想摆脱腓力二世的行政控制的。
因此在万历时期的澳门葡萄牙社区，就产生了一个“一人一票”的伪民主自治制度。
当时澳门的自治组织是以公选为基础的。
每一个在澳门出生且具有法律资格的自由市民都有选举权，来自其他葡属领地的自由民，只要在澳门结婚或者定居，也将获得选举权。
自嘉靖四十一年选出澳门行政首领之后，万历年又增设了一名葡人**官来执掌治安。
到了万历九年，西班牙和葡萄牙正式合并之后，澳门的葡萄牙人选举出了由行政长官、判事官、日本贸易舰队司令和市民代表组成的行政议会。
万历十一年又选举产生了两名法官、三名高级市政官、一名检察官和一名财政官，这些选举产生的官员组成了澳门的市政委员会。
尔后，明廷为了‘以夷制夷’，在澳门也委任“夷目”对广东地方政府负责，这一职务一般由澳门葡萄牙市政议会民政官担任，同样也是由澳门市民选举产生。
对明廷本身而言，葡萄牙人在澳门的选举自治制度无疑是利大于弊的。
因为在澳门的葡萄牙社区产生公选自治组织之前，在澳门的葡萄牙人是受驻印度果阿的葡印总督和负责中国、日本贸易的葡萄牙贸易船队司令官管辖的。
虽然这种管辖的实际执行情况不大理想，但从法理上来说，葡印总督是葡萄牙国王亲自授权的海外代理人，除了司法权以外，和葡萄牙国王具有同等行政资格。
而在澳门建立起自治组织之后，澳门葡萄牙人脱离腓力二世管制的愿望变得越发强烈。
历史上也的确如此，在万历二十三年时，基于澳门市政委员会的请愿，腓力二世正式批准澳门葡萄牙人享有全部自治权，使澳门在葡萄牙和西班牙的联邦之外，另外取得了自治城市的地位。