因为大明最强的水师舰队掌握在了他的手中，而且他是有计划的剥离，这黑水舰队本来就是新建，朝廷在其中影响力不大，更有甚者，他们一向不听兵部和军机处的调令，只是听米利坚懂事会的，现在好了，米柱有意识剥离。
加上大明根本不重视海上权益，水师就是后娘养的，米柱乘机接管，水师尽入其控制之中。
米柱下南洋，看似是实力大幅倒退了，其实是转到了海上，有朝一日，这些官员会发现，大明海权，尽在米柱控制之中，只要米柱不同意，他们寸板不得下海。
这在现在，不是什么问题，大明本来就禁海，现在逐步开放，也不是多大的事，但到了那个海洋时代之时，就是欲哭无泪之时了。
米柱在担任南洋大臣之后，便开招公开的大张旗鼓，招揽人手，为他扬帆南海作准备。
在此时他收到了葡萄牙人和西班牙人兵分两路，进攻马尼拉的消息，米柱立即下令黑水舰队反击，乘机对荷兰人和葡萄牙人宣战。
当马尼拉在浴血奋战之时，李旦率领主力舰队南下，他坐镇宝岛，郑芝龙率部进攻马六甲，而颜思齐则在宿务甩开了葡萄牙舰队，与事先潜伏的舰队会合，进攻巴达维亚。
一百多年前，葡萄牙人占领了马六甲城之后，便将它打造成为东方的前进基地。
马六甲现在处于全盛时期，是个闻名于世的港口及经贸中心。由于其位置处于航海及经贸的中心，又有良好的深水港口，东去资源丰饶的东方文明古国，西接印度、阿拉伯世界及欧洲西方列强，使得马六甲不仅成为繁荣一时的商业中心，它也同时成为东西方多种文化互相碰面及交流的地方，大明朝的郑和在七度下南洋的时候，就是以马六甲为中转基地，他在这里设立了母港，建立了仓库。
马六甲可以看到马来人、华裔、葡萄牙裔聚居的街区，可以看到葡萄牙人修建的圣地亚哥城门和圣保罗教堂、最近才修建的总督府、阿拉伯风格的清真寺以及大明式庙宇。
马六甲在十六世纪大航海时代兴起前，成为东亚不折不扣的海洋城市。每年吸引好几百艘船只顺着季风前来贸易，大明人、印度人、阿拉伯人、欧洲人挤满了港口。从大明来的樟脑、丝绸以及陶瓷，从印度来的织品，菲律宾蔗糖，摩鹿加群岛的檀香、丁香、豆蔻等香料，苏门答腊的金子以及胡椒，婆罗州的樟脑，帝汶的檀香，以及马来西亚西部所盛产的锡，统统汇集到马六甲，再转运到世界各地，马六甲俨然是当时商品的全球集散中心。
葡萄牙人占领了这里，等于占领了一聚宝盆呀！这里成为了他们在南洋最重要的基地，荷兰人打了几次主意，这都无功而返。
葡萄牙人的军队不仅有来自本国的军人，还有不少欧洲的雇佣兵，还有大量当地人组成的步兵队伍，除了一支舰队外，他们还花费巨资修筑护城的城墙，并在总督府附近建造了坚固的堡垒卫城。
由于城市本身被流入马六甲海峡的河流分为两部分，所以这座带有清真寺的要塞本身还扼守这联通两处城区的沿海大桥。只有通过大桥和要塞的防御火力，船只才能进入安全的城市内港停泊。可以说马六甲城对于任何想要攻克他的敌人来说，都是一块难啃的骨头。
这是一座国际化大都市，城里云集了当地的马来人，印度的泰米尔人、孟加拉人和古吉拉特人，地中海和西亚来的土耳其人和亚美尼亚人，中南半岛上的越南人、泰国人和缅甸人，东面的文莱人和菲律宾人，甚至还有打破海禁政策南下的大明人。