明军武将之权被削得狠，战斗力开始下降，不复当年追着蒙古人打的血勇。
即便如此，从洪武十三年至正统十四年，五军都督府的权力仍然很大，卫所将领的选拔和更替、卫所士卒的操练、管理军户屯田和军事情报的获取都由五军都督府掌管。此外，事关帝国安危的重大军事行动都需要皇帝和五军都督府的都督们商议后才能决定。
五军都督府权力很大就意味着兵部地位的低下，不仅重大军事行动的商议兵部不得参与，就连五军都督府的事务兵部都不得干预。这样，兵部实际上就相当于是皇帝向五军都督府发布调兵命令的信息传达机构。
但是，随着宣宗于宣德十年正月突然驾崩，三杨内阁乘英宗朱祈镇年幼之机将兵部尚书王骥扶上了麓川之役明军主帅的位置，这是兵部第一次触碰到了军事指挥权。
在王骥的率领下，明军接连三次确定麓川之役的胜利，一向以儒雅示人的兵部文官充分展露出了自己驾驭战争的能力，只是有大量战功卓着、爵位在身的武将坐镇五军都督府，兵部地位的崛起依然阻力重重，这种情况下，土木堡之变的发生为兵部地位的崛起提供了一个绝佳的契机。
土木堡之变中，英宗被俘，参战的二十万明军损失过半，武将勋贵集团的中坚力量英国公张辅、泰宁侯陈赢、驸马都督井源、平乡伯陈怀、襄城伯李珍等人和经过他们悉心调教的新生力量尽数阵亡。
而接下来的京师保卫战中，兵部尚书于谦却以一己之力挽狂澜，这就给世人心中留下了一种关键时刻还得靠文官的印象。所以景泰帝登基后，以于谦提督京营，兵部地位开始崛起，五军都督府的权力开始逐步削弱。
景泰年间，每遇重大军事行动，朱祁钰都会跟于谦商议，并且卫所将领的选拔和更替、卫所士卒的操练都被收归兵部，五军都督府的权力就只剩下了管理军户户籍和屯田等，兵部地位已然崛起。
英宗朱祈镇这胡汉三又回来后，虽然通过废除于谦所设团营、召回天下镇守文官等办法打压兵部，但是随着坑爹的石亨以图谋不轨被诛，大明彻底由文武并重转向重文抑武。
成化、弘治年间，管理军户户籍的权力也被收归兵部，五军都督府彻底沦为一个有名无实的部门，明军的战斗更是弱得不成样子，不倚着长城，连北边都守不住。
凡在京在外武职袭替优给，都司卫所呈送该府，奏过送兵部奏请定夺。后行奏俱改属兵部。
正德年间，武宗通过宠幸武将江彬、设立两官厅的办法打压兵部的地位，但是随着武宗的驾崩，这一切努力都化为泡影。
嘉靖年间，五军都督府仅剩的管理军户屯田的权力被收归户部，五军都督府成为了一个可有可无的部门，五军都督府的左、右都督成为了武将的荣誉职衔，此后，凡遇征战，武将都由挂兵部职衔的巡抚或总督节制。
明军也正式的弱到任由倭寇欺压的地步，俺答汗也突入了长城，横扫北直隶，以前是战略对峙，现在是战略守卫，给了建奴崛起的机会。