五军都督府由英国公张惟贤任大都督，另外五位都督由勋贵们领衔，一般是虚职，真知做事的是同知、佥事，断事官等。
张惟贤以作为第八代英国公，世代勋贵掌兵，能屹立不倒的原因是与皇室保持一持，从不站队，他说道：“右军都督府可以加强重庆、成都的防卫，但是必须有朝廷的命令，都督府掌兵不调兵，再者川地兵力空虚，只能从外地调入，这必须由兵部诸公同意。”
米柱道：“兵部基本没有问题，改土归流是国策，朝廷也有削永宁土司实力之心，但朝中诸公认为，土兵任由拿捏，不足为惧。”
土司乃一方诸侯，国中之国，朝廷不得己才采取的羁留之策，有机会改土归流，绝不放过。每次西南有事，必调土司，不听调者，必有异志，听调的话就可以乘机削弱他们的实力，防止坐大。
徐可求从永宁调兵赴东北战区作战，是这一政策的延续，得到朝中诸公的认可的。
但是米柱的备忘录转至内阁，被韩爌认为多管闲事，杞人忧天，留中不理，连比较中和的刘一燝也认为，东厂过于多虑了，朝廷每年从各地土司调兵，并不是什么奇怪事，为何独对奢祟明一部心怀疑虑。
朝廷与土司之间是有约定的，相互之间保持某种平衡，朝廷断无无故出兵迫反永宁之意，平定一个播州杨应龙，就历时数年，耗资百万方攻入海龙屯，灭掉八百年土司杨家。永宁实力不在播州之下，且与水西安氏同气连枝，互为声援，一个不慎，恐会西南糜烂。
刘一燝问韩爌：“东厂为何认定永宁土司有反意？”
韩爌道：“这可以问永宁土司留后院。”
留后院就是驻京办，以韩爌阁臣之尊，当然不会见一个留侯院主事，他随口一句，自有长随去办。
长随归来，言道：“永宁留后院主事言，东厂亲石柱远永宁，厂卫校尉向永宁勒索黄金三千不得而怀恨在心。”
这么一说，韩爌就明白了，地方官府和权贵一向当土司是肥肉，谁都想沾些油水，失败了怀恨在心，这很正常。
米柱的备忘录没有引起内阁任何的注意，没有内阁的点头，兵部和五军都督府就无法调兵统兵。
倒是韩爌亲自弹劾兵部尚书熊廷弼、东北战区司令米礼义借刀杀人，致六位朝廷派往战区的给事中致死。
奏折直入内廷司礼监，言路闻风而动，集体附议，连都察院左都御史袁应泰都弹压不住。