按照正史，他历经南明几朝，终是看破南明的无可救药，心灰意冷之下，然后告别官场。
但是，即便削发为僧，他依然没有泯灭报国之志，自组反抗势力艰苦斗争，最终被捕。
宁死不降，以死殉国。
这也许和他开放而独立的思想有关，他接受西学，但并不盲从，会经过一番仔细考证，找到确切的事实依据之后，才会接受。
如此实属难得，对这样的人，唐宁是非常尊敬和推崇的。
如果不是宋应星资历更深一些，唐宁是准备把院长的职位交给方以智的，因为他的思想更加开放，符合唐宁的理念。
但是，院长的职位已经由宋应星担任，所以唐宁给方以智的职位是副院长。
方以智对是院长还是副院长倒不甚在意，他看到的是唐宁的礼贤下士，吏治清明，以及百姓的拥戴。
他亲历过崇祯和弘光两朝，对两朝的官场黑暗和民不聊生，深有体会。
此番来到潮州，他刚开始并没有盲目的相信传言，而是先暗地里考察了一番。
通过自己的亲眼目睹和亲身体会，才知道潮州府不是他以往所见过的州府，这里才是他方以智最想看到的场景。
如果大明所有州府能如此，大明怎么可能会亡？如何弘光帝有唐宁这般深谋远虑，何愁大明不复？
方以智非常珍惜在潮州府所见到的一切，他很想保留这一切，并将之发扬广大，所以对唐宁的委任，他欣然接受。
唐宁则是直接将那些耶稣会士，以及西学东渐的工作全部交由方副院长处理。
另外，唐宁还强调了医学系，需要方以智这个精通医学的副院长大力推扬。
前几天来投的传染病专家吴有性，已经被唐宁推任为医学系主任。
但是，吴有性精通的是传染科和内科，对外科并不精通。