之后自来也指导鸣人修行长达三年，这期间，自来也一直试图让鸣人彻底掌控九尾的力量，他用四代封印的钥匙略微打开了九尾的封印，结果鸣人瞬间被九尾的力量吞噬，进入了四尾的状态，为了控制鸣人，他受了不轻的伤。
有人就会说了自来也怎么打个四尾状态的鸣人就受伤啦，大蛇丸不用手跟四尾鸣人打都全身而退，佩恩连八尾鸣人都能打。
但要知道能打和控制完全是两种层次，自来也不会木遁，要近身贴符，同时还要顾忌不能伤到鸣人，而大蛇丸只需要躲技能边缘ob即可，打不过转身就能走，佩恩嘛…人家直接打九尾也不在话下。
三年后，两人结束修行回到了木叶，但自来也并没有安顿下来，而是立刻离开村子调查晓组织，终于，他查到了晓组织首领的藏身处，在雨隐村，也就是当年遇到长门等人的村子。
不过由于这个村子常年封闭，具体的情况未知，为了确认情报的真伪，自来也决定先行潜入调查，之后再制定作战策略。
纲手非常担心自来也的安危，为了让她安心，自来也提议让逢赌必输的纲手赌自己会死，“不过等到我回来赢得赌约的时候”，你嫁给我可好……
后半句是我加的，这句话自来也最终还是欲言又止，而纲手看起来正在等他说出口。自来也告别了纲手，告别了木叶，只身前往雨隐村。
利用时空忍术潜入雨隐村后，自来也发现这个村子比他想象中的更为安定、繁荣，通过走访得知，山椒鱼半藏已经不是这个村子的首领，这个村子现在的首领叫做佩恩，而且这个村子的人都对佩恩非常敬仰。
自来也得知，佩恩凭借一己之力杀死了半藏，统一了这个常年战乱的国家，自来也大为震惊，半藏的实力他是非常清楚的，他预感这次行动恐怕异常凶险，但他不想无功而返，正待进一步调查时，小南突然来袭。
原来早在自来也踏入雨隐村的那一刻，佩恩就已经掌握的他的行踪，雨隐村常年不断的雨，正是佩恩的感知忍术，不过小南并不是自来也的对手，而且纸片忍术被火和油克制，小南的纸片浸油后无法使用，被自来也轻易擒获，不过佩恩很快出手，第一个出现的是精通通灵术的畜生道。
当自来也看到他的轮回眼时，以为他是样貌大变的长门，自来也质问他为什么要收集尾兽？长门告诉了自来也，他是为了永久的和平，收集尾兽是为了开发出可以瞬间毁灭一个国家的禁术兵器，之后向每个国家都提供这种兵器，这样各国之间就会彼此畏惧，不敢发动战争。
其实就跟现在的核威慑是一模一样的，不过有一点做得更好，就是长门打算给所有国家都提供核武器，不会出现无核国家被肆意侵略的情况。
但是，长门的这个计划肯定是行不通的，因为他被带土和斑利用了，斑又被黑绝利用，最后的结果只会是无限月读，人类濒临灭绝，而且自来也追求的和平并不是武力威慑，他决定在此阻止长门。
知道对手的强大，自来也立刻准备进入仙人模式，但吸收自然力量需要时间，他通灵出蛤蟆健与对方周旋，但对方的通灵兽层出不穷，有一种可以无限分裂的狗尤为棘手，自来也用影分身把这些狗引到一起，召唤出大蛤蟆的食道将他们一举吞噬，之后又出现一只怪鸟，自来也用火遁将其解决，紧接着又出现一只犀牛，被自来也的分身干掉。
畜生道的通灵兽一只接着一只，但此时自来也已经准备完毕，召唤出深作、志麻两位蛤蟆仙人，进入了仙人模式，力量、速度以及忍术威力巨幅提升，攻击方式也发生了变化，这些通灵兽不是他的一合之敌。
这时畜生道通灵出饿鬼道和人间道助阵，人间道被自来也一脚踢飞，但能够吸收忍术的饿鬼道却非常棘手，自来也和两位蛤蟆仙人联手使用仙法·五右卫门被完全吸收，喂喂...不是仙术不能被吸收吗，难道那是后加的设定？之后的超大玉螺旋丸也被吸收，连攻向对方死角的体术都被挡下。