与此同时，第二阵枪声又响起，白莲教西护法也中枪倒地。
锦衣卫也发出巨大的欢呼声，虽然不及对方人多，却终于把白莲教教徒的气焰压制下去了。
白莲教南护法发现官兵火力太猛，连忙叫来弟子，分五百人从后门攻击，其他人用梯子爬围墙，一鼓作气冲进衙门。
不一会，弟子来报：“后院有一百多弓箭手，我们的人才靠近就被射中好多。好不容易冲进后门，又是一阵乱箭，五百多人伤亡已经过百，兄弟们冲不进去啊！”
墙头上不断有弟子从梯子上掉下，南护法正在焦虑该如何打破僵局时，后面响起了如炒豆般，连绵不断的枪声，白莲教教徒顿时大乱。
原来是埋伏在濯清租住院子里，那一千神机营士兵，反包围了这两千多教徒，并迅速展开了攻击。
王栋一看援兵已到，指挥锦衣卫从衙门里杀出。
那些顽强抵抗的死硬分子，不断被子弹击中倒地，其他走投无路的教徒，纷纷跪地投降。
南护法一看大势已去，举刀割喉自杀身亡。
王栋指挥两支人马，兵分两路。一路神机营士兵，前去支援扬州知府衙门，另一路锦衣卫，去端东郊白莲教的老巢。
东、北两位护法带领的教徒，相对于盐丁、衙役们，战斗力更强些，已经攻破了扬州知府衙门的大门，要看知府衙门就要失守，神机营士兵及时赶到。
神机营火力强悍，白莲教教徒在两面夹击下，终于也顶不住了，纷纷溃逃，东、北两位护法双双战死。
王栋迅速派人全城搜查，让投降俘虏带队认人，终于在濯清回扬州前，基本肃清了剩余的白莲教教徒。
锦衣卫也攻破了白莲教的老巢，缴获了大量的物资。包括了金银、法器、旗帜、标语等。抓获了王天伦的十几个‘义女’，其实就是他的妻妾，还有乌聪儿的母亲。