自27岁起，断然弃绝科举帖括之学，遍览历代史乘、郡县志书，以及文集、章奏之类，辑录其中有关农田、水利、矿产、交通等记载，兼以地理沿革的材料，开始撰述《天下郡国利病书》和《肇域志》。
鞅虏强盗入关后，顾炎武暂居语濂经，由昆山县令杨永言之荐，投入南明朝廷，任兵部司务。
一开始时顾炎武把复仇的希望寄托在弘光小朝廷之上，他满腔热忱，一口气撰成《军制论》、《形势论》、《田功论》、《钱法论》，为行朝出谋划策，针对南京政权军政废弛及明末种种弊端，从军事战略、兵力来源和财政整顿等方面提出一系列建议。
结果毛用没有，南京城很快被鞑虏攻占，弘光帝被俘，南明军崩溃，鞑虏铁骑又指向苏、杭。
其时，江南各地反鞑义军纷起。
顾炎武和挚友归庄、吴其沆投笔从戎，参加了佥都御史王永柞为首的一支义军。
当时诸义军合谋，拟先收复苏州，再取杭州、南京及沿海，但惜乎残破之余，实不敌气焰正炽的八旗精锐，义军攻进苏州城即遇伏而溃，松江、嘉定亦相继陷落。
顾炎武潜回昆山，又与杨永言、归庄等守城拒敌；不数日昆山失守，死难者多达4万，吴其沆战死，顾炎武生母何氏右臂被清兵砍断，两个弟弟被杀，顾炎武本人则因城破之前已往语濂径而侥幸得免。
这年闰六月，明宗室唐王朱聿键在福州称帝，年号隆武。
经大学士路振飞推荐，隆武帝遥授炎武为兵部职方司主事，但由于嗣母新丧，炎武一时难以赴任。
后来，路振飞派人与他联系，要他联络“淮徐豪杰”。
此后四五年中，顾炎武东至海上，北至王家营，仆仆往来，奔走于各股义军
力量之间，意图纠合各地义军伺机而动。然而弘光及闽浙沿海的隆武等南明政权先后瓦解，炎武亲身参与的抗清活动也一再受挫。
后来，顾炎武嗣祖绍芾及兄长顾缃先后去世，又逢吴中大旱，一时丧荒赋徭猖集，顾炎武无奈。