首次提出并明确内部管理等级。
一到三级特工：一般只是变查局聘请的临时政府雇员，属于内勤人员，掌握非机密信息，大致了解变查局的运转机制。
能够掌握变查局的管理机制和各个州分部的运转方式。
同时并不直接与变查局外勤特工直接联系，不知道他们的头衔与代号。
在变种人总部保护伞大厦一百层以下都是九级特工的办公地点。
同时最新入职的变种人也在一级特工的范围之内，必须经过变种人学院的学习培训，在取得学院管理层颁发的证书之后才能进入变查局各个分部进行为期三年的实习。
如果没能在实习期满之时通过变查局内部等级审核的话，那就要继续实习下去。
直到取得四级特工权限为止。
这段时间，三巨头称之为实习期。
四级特工：公众机密级，获得机密的最低级别。一般是指变查局普通政府雇员，经过为期几周或者三年的实习期加上内部的背景调查，方可申请。他们可以查询上级认为有必要的内容，但具体特工名称和细节都会被屏蔽。
至于四级变种人特工，则不需要这么麻烦，但想要接触这个等级，必须在X教授那边进行心灵探测，确定没有任何问题之后方可晋升。
五级特工：普通机密级，申请这个级别需要几个月到一年的时间充分调查，取决于个人的背景。在经过核准批复之后，在这个级别的政府内勤雇员和外勤雇员可以接触一些机密任务，比能够向副局长琴葛蕾提出个人看法和意见。
至于五级变种人，被罗根他们戏称为雏鹰，属于出场要人带的那种，并不具备单独执法权力。
六级与七级：政府雇员能够享受到变查局的一应福利，完全医保，更能够翻阅局内一切绝密资料。
至于六级七级变种人，一般为各个分部的行动局长，局长一律由相同等级普通特工担任。
八级：绝密黑箱级，只能了解自身负责的部分，绝不能了解到其他与他同级别特工的机密。拥有使用飞机、无人机、战斗机器人和卫星侦测的权利，不需要向上级报备，一般由红后记录在案。
至于八级变种人特工，一般只是罗根或者X战警这样的人，身经百战的那种。
九级：副局长，琴葛蕾，星灵。
十级：三巨头，万磁王埃里克，X教授查尔斯还有米克。