不过接下来的水军头领分配中让宋江又满意了许多，梁山周围的八百里水泊这道天然屏障使得水军的地位非常重要，只要有他们在梁山的安全就可高枕无忧。
水军的配置和马军类似，采取主将副将固定搭配的方式，具体结果如下：
第一营：正将混江龙李俊，副将翻江蛟童威，出洞蜃童猛
第二营：正将活阎罗阮小七，副将立地太岁阮小二，短命二郎阮小五
第三营：正将船火儿张横，副将浪里白条张顺
其中临时负责人乃是混江龙李俊，这多少让宋江感觉挽回了些颜面，好歹马步水三军之中有一支算是掌握在他手里了。
此外还有一些特殊职位：
掌管机密军师二员：智多星吴用入云龙公孙胜
总探声息头领一员：神行太保戴宗
守护中军马军骁将二员：小温侯吕方赛仁贵郭盛——此二人名为守护中军，但由于晁盖和杜嘉都是武艺精熟之人，其实就是宋江的贴身保镖
定功赏罚军政司一员铁面孔目裴宣
行文走檄调兵遣将一员圣手书生萧让
考算钱粮支出纳入一员神算子蒋敬
专造一应兵符印信一员玉臂匠金大坚
专造一应旌旗袍袄一员通臂猿侯健