每哨三队，每队有正副队正各一人，每队三什，每什十名士兵，加上哨长的两个亲兵，两个传令兵，每哨正好一百人。
第三哨全部装备火枪，而且还装备了刺刀，这是方云被伏击之后直接催生的结果。
火枪的长度在一米七到一米八之间，方云便让军工坊的工匠打造了一批二尺（六十厘米左右）长刺刀，装备上刺刀之后，火枪的长度可达两米三到两米四，完全可以当成长枪来使用。
第一、第二哨每哨有火枪兵五十人，盾牌兵三十人，长枪兵二十人，火枪兵和第三哨一样，都配有刺刀，盾牌兵除了人手一面包铁皮的盾牌，还装备了腰刀一把。
完成了战兵部队的整编之后，方云又把方家庄护卫队改成新兵训练营，然后把李大牛调到新兵训练营，担任营长。
方云还计划以后凡是自他的部队，新招收的士兵都要经过新兵训练营训练之后才能下放到各个作战部队，而作战部队除了特殊情况之外，没有得到自己的同意，不能私自招兵。
这样省得方云担心他的部下也和学他一样，一门心思往军阀的道路上发展。没有了招兵的权利，下面部队无法扩张，也就无法摆脱他的掌控。
等以后部队的武器全部换成火枪之后，方云还能通过后勤补给来控制部队。
火枪可不是大刀长枪，没有了子弹、火药，他们就和烧火棍没什么区别了，底下部队造反的概率就更小了。
以上都是对陆军进行整编，除了陆军之外，方云还同时成立海上护卫队。
之前指挥船队打败了海蛇海盗团的何汉被方云任命为第一任水师护卫队队官。
水师护卫队拥有大型战舰三艘，也就是原来方云买过来的三艘战舰，小型战船目前还没有，不过方云已经计划好了，在这个月商队南下之前，他会向黄龙再买两艘四百料的大战舰，和二十艘一百料的小型战舰，全部装备到水师护卫队当中去。
不过要为这些战船配齐足够的战斗人员，方云至少还得招收三百个水兵。
等到水师战船补齐之后，除非郑芝龙的人杀到渤海来，否则渤海将不会有哪个势力只自己这支水师护卫队的对手，当然黄龙的水师部队除外。
不过把护卫队整编成军队之后，方云的土地又不够用了。
屯堡的军户都能分到五亩地一个人，作为自己起家的护卫队，方云当然不会亏待他们了。