往往于谦白天递交上去的奏折，夜晚就被内阁批准通过。
三杨去世之后，中央权力转移到太监王振的手中，他把于谦当成了曾经顶撞过他的那位御史。
正统六年，于谦推荐参政王来、孙原贞代替自己，王振指使通政使李锡弹劾于谦。
弹劾的理由是于谦因为自己长时间没有得到提拔心生不满，所以私自推荐人来取代自己。
之后于谦被判处死刑，被关押在牢房中整整三个月。
后来王振明白自己把两个人混淆了，才使得于谦免除死刑离开牢房，同时被降职为大理寺少卿。
于谦被降职之后，许多人都希望于谦可以留下来继续担任山西、河南的巡抚。
这两个地方的官吏和百姓俯伏在宫门前，上书请求于谦留任，周王、晋王等藩王也同样上言请求，因此于谦再次被命为巡抚。
正统十二年，山东、陕西产生了二十万左右的流民，这些流民纷纷选择到河南求食。
因此于谦请求发放河南、怀庆两府积储的粟米来救济这些流民。
又上书请求派遣布政使年富来安抚这些流民，把流民们召集起来之后，发放给他们田、牛和种子，同时设置里老进行监督管理。
于谦先后在山西、河南任职共十九年，只有在他父母去世时才回去办理丧事，但用不了多久就会重新任用他。
“正统十四年，也先大举进犯，王振引导皇帝做出了亲征的决定。”
“于谦和兵部尚书邝野极力劝谏皇帝，但明英宗依旧坚持亲征。”
“于是邝野选择跟随皇帝管理军队，于谦留下来主持兵部的工作。”
“等明英宗被俘的消息传回京师之后，朝野上下人心浮动，朝堂的局面也变得混乱起来。”
“此时是明英宗的弟弟郕王朱祁钰监国，他召集群臣，命令大臣们讨论作战和防守的方略。”
“侍讲徐珵说星象有变化，主张迁都南京。”
“于谦认为应该吸取宋朝南迁的历史教训，坚决反对南迁，主张保卫京城，并且斥责了那些主张南迁的人。”
“郕王肯定了于谦的意见，于是朝廷确定下来了守卫京师的决策，朝廷上下共同抵抗敌军。”
“土木堡一战，明军基本上全军覆没，明朝的军队实力也大幅度削弱。”
“当时京师最精锐的部队和士兵都在土木堡之战中折损，目前京师只剩下了不到十万的士兵。”
“因此朝廷官员们都对即将到来的京师守卫战缺乏足够的信心。”
“这时于谦上书奏请郕王调派南北两京、河南的备操军，山东和南京沿海的备倭军，江北和北京所属各府的运粮军立刻开赴京师。”
“并且对京城保卫战进行了一系列的策划部署，这些举措使得京师的人心稍为安定下来，于谦也因此被提拔为兵部尚书。”
“郕王暂代皇帝出朝处理政务，廷臣们在朝堂上请求将王振的九族全部诛杀。”
“而王振的党羽马顺出来反驳并且斥责他们，这一举动彻底激怒了朝臣们。”
“于是给事中王竑第一个冲上前去殴打马顺，众多大臣们也跟随着他加入了殴打马顺的队列，最终马顺被围殴致死。”
“朝堂上秩序大乱，郕王感到害怕，想要离开朝堂。”
“这时于谦推开众人将郕王朱祁钰扶住让他不要离座，并且请求他宣布大臣们无罪。”
“朱祁钰照做之后才使得大家安定下来，但于谦的袍袖在这场事故中被全部撕裂。”
“退朝之后，吏部尚书王直当着于谦的面承认自己比不上他。”
“并且表示没有他，朝廷上下就不能平定，国家也就不能稳定。”
“这件事情过后，朝廷上下的人都重视并且依赖着于谦，于谦也毅然把国家的安危视为自己的责任。”
“大臣们担忧国家没有君主，但太子年幼无法继位，敌军又马上要攻打到京师了。”
“于是大臣王文于正统十四年，上书朱祁钰，希望他承继大统。”
“于谦、王直等大臣联名请求皇太后将郕王朱祁钰立为皇帝，郕王害怕地推辞数次。”
“于谦劝说郕王要为国家考虑，于是郕王不再推辞。”